Nein, dein primäres Problem ist die Sicherheit deiner Daten.
Zu deinem sekundären Problem:
Kann es sein, dass "$dir" bereits einen Teil des Pfades enthält und du hier
Code:
$link = 'index.php?path='.$path.'/'.$dir;
somit den falschen Pfad erstellst? Was steht denn in "$dir"?
Grüße, Matze