Also, das ist ganz einfach. Folgender Eintrag dient jetzt mal als Beispiel für die Datei /etc/ctontab (die du ja hoffentlich kennst. Wenn nicht: "man 5 crontab").
Code:
# m h
dom mon dow user command
17 * * * * www-data php /path/to/script.php
Das Script wird dann als CLI ausgeführt. Dafür brauchst du das Packet php5-cli. Sofern du Debian oder Ubuntu benutzt, wird dann statt der üblichen php.ini unter /etc/php5/apache2/ die php.ini im Verzeichnis /etc/php5/cli/ benutzt. Dort kannst du deine Einstellungen dann seperat vom Apache vornehmen.
Liebe Grüße,
Valle