Dann ist es ja so, dass bei
FTP das
/-Zeichen als Verzeichnistrenner verwendet wird, während unter Windows ein Backslash gilt.
Das stimmt so nicht ganz, es gilt nicht nur der Backslash. Der Backslash ist zwar unter Windows üblich und sollte per Konvention verwendet werden, aber es funktionieren Slash und Backslash gleichermaßen.
Wenn man also wie hier unixoide bzw. internetbasierte Verzeichnisnamen hat, muss man das nicht unbedingt umwandeln.
// EDIT:
Aber du hast natürlich Recht, dass setSlashes Blödsinn macht, denn es eliminiert ja jeglichen Backslash statt ihn in einen Slash zu verwandeln...
Dann noch ein Fehler:
In StoreFile fehlt die Prüfung, ob die Datei existiert... Man darf natürlich nicht davon ausgehen, dass Append immer korrekt angegeben wurde, das provoziert ja geradezu Fehler...
Was das Problem angeht:
Was sagt denn das FileZilla Log oben im Fenster was vom Server zurückkommt an der Stelle?