Wenn's nur um ein einzelnes Programm geht, wären die Mittel der Wahl vermutlich
DLL-Injection und Detouring der fraglichen Funktionen (z.B. mit Microsoft Detours, madCodeHook). Was Process Monitor genau tut, weiß ich nicht, aber vermutlich bedient es sich eines Filtertreibers.
Edit: solche Software gibt es schon: z.B.
Total Uninstall. Aber das weißt du sicherlich.