Lösung:
Ich verwende einen individuellen
IDE-Desktop, dieser ist in einer *.dst Datei via 'View -> Desktops -> Save Desktop' abgespeichert. Der Dateiinhalt wird offensichtlich niemals aktualisiert, selbst wenn (wie bei mir) Müll drinnen steht. Dieser Müll ist wohl entstanden weil beim Abspeichern einfach die Eigenschaften aller Fenster, auch der nicht bzw. niemals zuvor angezeigten, mit abgespeichert werden. Somit musste ich mit diesmal angezeigtem todo list Fenster das 'View -> Desktops -> Save Desktop' nur wiederholen und schon war der "verschwindet beim Doppelklick" Bug behoben.