Hallo,
auch wenn das hier natürlich kein spezielles MySQL Forum ist, weiß ich aber, dass es auch hier einige Spezialisten mit Erfahrung gibt, deshalb frage ich einfach mal hier!

Was mag wohl im Zugriff schneller sein:

Option 1: Eine MySQL Instanz laufen lassen mit z.B. 5 Datenbanken a 5 Mio. Datensätzen
Option 2: 5 MySQL Instanzen (über verschiedene Ports) laufen lassen und in jeder Instanz somit nur 1 Datenbank mit 5 Mio. Datensätzen

In jedem Fall natürlich auf EINER Maschine, also NICHT 5 Maschinen für Option 2!!!
Ich sollte vielleicht noch zusätzlich sagen, dass i.d.R. relativ wenige Zugriffe hierauf stattfinden und meistens sogar nur 1 User bzw. eine Abfrage gleichzeitig stattfindet.

Vielen Dank für Eure Einschätzung oder Erfahrung