Kurze Verständnisfrage: Wenn ich fremde Assemblies nutze, dann muss ich diese ja im Projekt angeben. Und wenn diese nicht im GAC sind, dann kann ich sie suchen, und sie stehen samt Pfad in der Projektdatei. Spielt das beim Kompilieren eine Rolle? Also, werden sie dann von der Exe (oder was auch immer) dann genau da gesucht? Oder ist das unerheblich; nach dem Motto: Wenn das Programm geladen ist, dass die Assemblies zur Verfügung stellt, dann findet meine Exe die auch. Egal wo sie sind.

Sorry wg. der dummen Frage, aber ... ... ich weiß es wirklich nicht.

In erster Linie Verhalten sich .Net Assemblies wie DLLs in der "alten Zeit".
Sie werden bevorzugt im App-Ordner genommen. Gibt es eine passende Version im GAC wird immer die benutzt.