Mach dir doch einfach eine Batchdatei. Nimm dazu aber die Endung .CMD anstelle von .BAT,
damit CMD.exe anstelle von COMMAND.COM als Kommandozeilenprozessor verwendet wird.
Pürfe doch mal, ob das Verzeichnis "C:\Program Files\
Mysql\
MySQL Server 5.0\bin\" nicht schon im Suchpfad ist; falls nicht könntest du es hinzufügen.
Mit dem Suchpfad vereinfacht sich der Aufruf von
mysql.exe deutlich.