Auch wenn ich erstmal nicht davon ausgehe das es am Zusammenspiel zwischen den beiden Programmen liegt, kannst Du mal den Code zeigen mit dem du Programm1 aufrufst? Bzw. wie du es realisiertst das Du auf das Ende von Programm1 wartest.

Ich habe bei mir auch einen Fall bei dem ich auf ein externes Programm warten muss. Das Programm läuft unterschiedlich lange und speichert dann eine Datei. Um nicht bis in alle Ehweigkeit zu warten gibt es einen Timeout, dann muss der Nutzer ran und muss die Daten von Hand einsammeln und auswerten.

Gibt Programm1 irgendwohin Statusmeldungen aus? In die Console? Die könnte man umleiten und auswerten.
Steht irgendwas im Windows Anwendungslog?